【令和7年11月改正】自動車通勤者の非課税限度額アップ！年末調整・源泉徴収の実務対応

令和7年11月、通勤手当の非課税限度額が改正され、特に自動車などの交通用具を使って通勤している方の上限額が引き上げられました。

この改正は、令和7年4月1日以後に「支払われるべき」通勤手当に遡って適用されるため、経理担当者の皆様は源泉徴収や年末調整において対応が必要となります。

今回は、この改正の具体的な内容と、実務で間違いやすい「遡及適用」の取扱い、そして年末調整や源泉徴収票の記載といった重要な論点をわかりやすく解説します。

改正の内容

今回の改正の主な変更点は、片道10キロ以上の距離を自動車や自転車などの交通用具を使用して通勤している給与所得者に支給する通勤手当の非課税限度額が引き上げられたことです。

交通機関や有料道路を利用する方の非課税限度額（月額15万円が最高限度）に変更はありませんが、交通用具を使用する方は片道の通勤距離に応じて非課税となる金額が細かく見直されています。

区分	非課税とされる金額
	改正前	改正後（令和7年4月1日以後適用）
① 交通機関又は有料道路を利用している人に支給する通勤手当	1か月当たりの合理的な運賃等の額 最高限度 150,000円（変更なし）
② 自動車や自転車などの交通用具を使用している人に支給する通勤手当
交通距離が片道 55km以上 である場合	31,600円	38,700円
交通距離が片道 45km以上 55km未満 である場合	28,000円	32,300円
交通距離が片道 35km以上 45km未満 である場合	24,400円	25,900円
交通距離が片道 25km以上 35km未満 である場合	18,700円	19,700円
交通距離が片道 15km以上 25km未満 である場合	12,900円	13,500円
交通距離が片道 10km以上 15km未満 である場合	7,100円	7,300円
交通距離が片道 2km以上 10km未満 である場合	4,200円 （変更なし）
交通距離が片道 2km未満 である場合	0円（変更なし）
③ 交通機関を利用している人に支給する通勤用定期乗車券	1か月当たりの合理的な運賃等の額 最高限度 150,000円（変更なし）
④ 交通機関又は有料道路を利用するほか、交通用具も使用している人に支給する通勤手当や通勤用定期乗車券	①の金額と②の金額との合計額 最高限度 150,000円（変更なし）

新しい非課税限度額は、政令の施行日である令和7年11月20日よりも前に遡って適用される点に注意が必要です。

具体的には、令和7年4月1日以後に「支払われるべき通勤手当」について、改正後の限度額が適用されます。

この「支払われるべき」という点が実務上の大きなポイントとなり、実際にいつ支給したかではなく、契約や給与規程で定められた支給日が令和7年4月1日以後であるかどうかが判断基準となります。

たとえば、令和7年4月10日に支給した令和7年3月分の通勤手当は、支給日が4月1日以後であるため、改正後の非課税限度額が適用されます。

一方、令和7年3月10日に支給した令和7年4月分の通勤手当は、支給日が3月10日であるため、改正前の限度額が適用されます。

「支払われるべき通勤手当」の判断基準と遡及適用

改正後の非課税限度額の適用対象を正しく理解するためには、「令和7年4月1日以後に支払われるべき通勤手当」とは何かということが重要になってきます。

これは、契約や慣習などで定められた支給日が令和7年4月1日以後であるものを指します。

特に複雑になるのが、給与規程を改訂して差額分を追加支給する場合の取扱い、すなわち「遡及適用」が生じるケースです。

差額支給の支給日が4月1日以後で、原資となる通勤手当も4月1日以後に支払われるべきものであった場合

例えば、令和7年4月10日に支給済みの通勤手当（4月1日以後支払われるべきもの）の差額を、給与規程改訂後の支給日である令和7年12月25日に支給した場合、この差額分も「令和7年4月1日以後に支払われるべき通勤手当」の差額として追加支給されるため、改正後の非課税限度額が適用されます。

差額支給の支給日は4月1日以後だが、原資となる通勤手当が4月1日前に支払われるべきものであった場合

例えば、令和7年3月10日に支給済みの通勤手当（4月1日前に支払われるべきもの）の差額を、令和7年12月25日に支給した場合、差額の支給日自体は4月1日以後ですが、その原資が「令和7年4月1日前に支払われるべき通勤手当」の差額に相当するため、改正前の非課税限度額が適用されます。

また、本来の支給日を過ぎてから未払分を支給した場合は、本来の支給日が基準となります。

本来の支給日が3月10日（4月1日より前）であれば、実際に4月10日に支給したとしても改正前の限度額が適用されます。

一方、本来の支給日が9月25日（4月1日以後）の未払分を12月25日に支給する場合は、改正後の非課税限度額を適用して源泉徴収することになります。

年末調整での精算

これまで支払ってきた改正前の通勤手当などについては、遡って税額を再計算し直す必要はなく、年末調整の際に精算を行うことになります。

つまり、改正後の非課税限度額を適用した場合に、既に源泉徴収した税額が過払いになっていれば、その差額を年末調整で還付することになります。

この年末調整の処理においては、新たに非課税となった金額やその計算根拠を源泉徴収簿の余白に記載するという情報もありますが、お使いの給与計算ソフトで正確に年調年税額が算出されていれば、これらの記載を省略しても問題ありません。

今回の改正を受けて、改正後の非課税限度額との差額を4月1日まで遡って追加支給する場合も特段の精算手続きなどは不要となります。

中途退職者・死亡退職者・非居住者に対する取扱い

年の中途で退職した従業員、あるいは不幸にも死亡退職された方や海外勤務となり非居住者となった方など、既に年末調整を完了している、または源泉徴収票を交付済みの従業員についても、通勤手当の改正に伴う対応が必要になる場合があります。

年の中途で死亡した方、非居住者となった方

既に年末調整が行われていても、支払われた通勤手当が改正前の非課税限度額を超えていた場合には、改めて改正後の非課税限度額を適用して年末調整を再計算する必要があります。

もし改正前の限度額以下であれば、特に精算の手続きは不要です。

年の中途で退職した方で、既に源泉徴収票を交付している場合

退職者に支払った通勤手当が改正前の非課税限度額を超えていた場合で、改正後の限度額を適用することで新たに非課税となる金額が発生するときは、対応が必要です。

この場合は、「支払金額」欄を正しい金額に訂正するとともに、摘要欄に「再交付」と表示した新しい源泉徴収票を作成し、再度交付しなければなりません。

源泉徴収票への記載方法

源泉徴収票の「支払金額」欄には、非課税とされる部分の通勤手当の金額を除いた金額、つまり課税対象となる通勤手当の金額とその他の給与等の合計額を記入していると思います。

今回の改正によって、遡って非課税となる金額が増えた場合でも、源泉徴収票の記載原則自体は変わりません。

重要なのは、年末調整で精算を行った結果、最終的に非課税枠を超えて課税対象となった通勤手当の金額が最終的にいくらなのかを把握することです。

まとめ

通勤手当の非課税限度額改正は、自動車通勤者などにとって朗報ですが、企業側は年末調整や源泉徴収の実務で適切な対応が求められますので事務負担が生じます。

特に遡及支払などを行う場合は本来支払われるべき支給日の認識が重要になってきます。

当事務所では、今回の改正が年末調整に与える影響などについて、顧問契約をご検討中の方に対して初回面談を無料で実施していますのでお気軽にお問い合わせください。