「株主の顔ぶれ」で税金が変わる！？株主構成の法人税・消費税への影響
会社の経営を考えるとき、もちろん事業内容や資金繰りは大切です。
しかし、実は「誰が会社の株を持っているか」という株主構成が、税金計算に大きな影響を与えているのをご存知でしょうか？
法人税や消費税には、株主の顔ぶれや持ち株比率によって、優遇制度が適用できなくなったり、思わぬ課税が発生したりするケースがあります。
今回は、株主構成が税金に与える影響をわかりやすく解説します。
目次
出資先の株主構成が自社に与える影響
配当金の益金不算入
法人税における「受取配当金の益金不算入」とは、法人が受け取る配当金のうち全部または一定の部分を益金（課税所得）に含めない制度です。
配当を支払う法人側ですでに法人税が課税されていますが、この配当をさらに受け取った法人がそのまま益金として計上すると、同じ利益に2度課税されることになりますので、これを調整するために益金不算入の仕組みが設けられています。
この非課税になる割合、つまり益金不算入の範囲は、配当を支払う会社（配当法人）の株を何パーセント持っているかで細かく決まっています。
簡単に言えば、親会社と子会社の関係が濃いほど、二重課税を防ぐために非課税の割合が高くなる、という仕組みです。
| 区分 | 持株比率 | 益金不算入割合 | 負債利子控除 |
|---|---|---|---|
| 完全子法人株式等 | （配当等の計算期間を通じて） 100% | 100% | なし |
| 関連法人株式等 | （配当等の効力発生日以前6月以上の期間） 1/3超 | 100% | あり |
| その他株式等 | 5%超1/3以下 | 50% | なし |
| 非支配目的株式等 | 5%以下 | 20% | なし |
配当を受け取る法人の持ち株割合が高いほど益金不算入割合が高くなり、完全子会社の場合は全額不算入となります。
例えば、関係会社への投資で安定した配当収入がある場合、この持株比率が少し変わるだけで、最終的に会社に残る手取り額が大きく変わってしまいます。
「もう少し株を買い増せば非課税枠が広がるのに…」というケースもありますので、そういった場合は保有比率を増やせないか検討しましょう。
自社の株主構成が自社に与える影響
留保金課税
留保金課税とは、特定同族会社が一定額以上の利益を社内留保した場合に、その超過部分に特別税率の法人税が加算される制度です。
留保金課税の計算方法
- 「留保金額」を算定（会社の課税所得＋課税外収入－社外流出金－法人税・住民税）
- 「留保控除額」は下記3基準のうち最大額を適用
- 所得基準額：当期所得金額の40%
- 定額基準額：2,000万円×事業年度月数/12
- 利益積立金基準額：期末資本金等の25%－期末利益積立金額
- 「課税留保金額」＝留保金額－留保控除額
- 「課税留保金額」に特別税率（10～20%の累進税率）を乗じて税額を算定
| 区分 | 税率 |
|---|---|
| 3,000万円以下 | 10% |
| 3,000万円超1億円以下 | 15% |
| 1億円超 | 20% |
この特定同族会社に該当するかどうかの判定は、株主構成に依存します。
詳細は割愛しますが、上位株主1グループが発行済み株式等の50%超を保有している、資本金等の金額が1億円を超えている会社が概ねこれに該当します。
ただし資本金等の金額1億円以下であっても大法人の100%子会社であるなど一定のの会社の場合は留保金課税の対象になるなど、その適用要件は複雑になっていますので適用リスクがある会社は早めに税理士に相談することをお勧めします。
みなし役員や使用人兼務役員の判定
同族会社に該当すると、役員ではない親族も会社の役員とみなされたり、使用人兼務役員の判定にも影響を及ぼします。
同族会社とは、3つの親族の株主グループでその会社の発行済株式や出資金額、議決権の50％超を保有する会社です。
みなし役員とは、名目上は取締役などの役員ではないものの、実質的に会社の経営に関与している人を指します。
例えば、役員として登記はされていないが経営方針の決定に影響を与える株主や、代表者の親族で経営に関与している従業員などが該当します。
株主構成や持株比率によって経営支配力が認められる場合もあり、税務上は役員と同様に扱われ、報酬や退職金の取扱いに注意が必要です。
使用人兼務役員とは、取締役などの役員でありながら、同時に会社の使用人として実務にも従事している人を指します。
例えば、営業部長を兼ねる取締役などが該当します。
ただし、経営支配力が強い場合や同族会社の親族役員などは、使用人としての実態が認められず、税務上は純粋な役員とみなされます。
この場合、給与や賞与についても同様に損金算入が制限されるため、実態に応じた慎重な判断が求められます。
中小企業優遇税制の適否
法人税には、中小企業を応援するための優遇税制が数多く存在します。
例えば、法人税率が下がる軽減税率の制度や、30万円未満の資産を一括経費計上できる少額減価償却資産の特例、交際費の損金算入限度額の優遇など、多くの恩恵があります。
しかし、これらの優遇制度を受けられるかどうかの判定には、資本金の額だけでなく、大企業により支配されているかどうかも大きく関わってきます。
具体的には、資本金1億円以下の会社であっても、発行済株式の総数の2分の1以上を大企業（資本金5億円以上など）に直接または間接的に保有されている会社は、これらの中小企業優遇税制が適用できなくなってしまいます。
例え資本金が100万円の会社であっても、親会社が大企業だった場合、その時点で税制優遇が受けられなくなるわけです。
昨今中小企業でもM&Aが多くなってきていますので、新しく大資本傘下に入った中小企業などは今まで受けていた優遇税制が継続して適用できるかどうか改めてチェックしてみましょう。
特定新規設立法人
新しく会社を立ち上げた場合、資本金が1,000万円未満であれば、設立から最大2年間は消費税が免除される免税事業者になれる特例があります。
これはスタートアップにとって非常に大きなメリットですが、この免税の恩恵を受けられない例外規定、それが特定新規設立法人です。
特定新規設立法人とは、簡単に言えば、実質的に大きな事業主が作った会社のことです。
具体的には、他の事業者（特定株主）に発行済株式の総数の50%超を保有されている会社が該当します。
新しく設立された法人の基準期間にあたる期間における特定株主の課税売上高が5億円超である場合は、新しく設立された法人は免税事業者ではなくなるため消費税の納税義務が生じます。
これは個人事業者が法人成りする場合や、兄弟会社を解散させ新しく法人を設立する場合も該当しますので、意図せず特定新規設立法人に該当しないように注意しましょう。
まとめ
会社の株主構成は、事業の支配権だけでなく、法人税や消費税といった税金に影響を与えます。
配当金の非課税枠から留保金課税の適用、中小企業優遇税制の適用可否、そして消費税の免税判定に至るまで、「誰がどれだけ株を持っているか」が税務上の有利・不利を決定づけるケースが多々あります。
会社の成長ステージに合わせて最適な税制メリットを享受するためには、株主構成を常に意識し、戦略的に管理することが欠かせません。
この他にもグループ法人税制や株価評価に与える影響などもありますので、ご不明な点がございましたらお気軽にお問い合わせください。
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